Voici une marche à suivre simple pour configurer Apache avec deux noms de domaine et générer deux certificats SSL distincts :

Assurez-vous que la configuration de base d'apache contient le minimum :

vi /etc/apache2/apache.conf
    Include ports.conf # Numéros des ports sur lesquels il écoute (voir commande suivante)
    AccessFileName .htaccess # Active la configuration dossier par dossier avec les fichiers .htaccess
    IncludeOptional conf-enabled/*.conf # Configuration supplémentaire, rien à faire de notre côté
    IncludeOptional sites-enabled/*.conf # Liens symbolique sur les configurations des sites (voir plus bas)

Ecoutez sur le port 80 (HTTP) et 443 (HTTPS)

cat /etc/apache2/ports.conf
    Listen 80
    <IfModule ssl_module>
        	Listen 443
    </IfModule>

Configuration des Certificats SSL :
Utilisez l'outil de génération de certificats SSL, tel que Let's Encrypt, pour créer deux certificats distincts, un pour chaque nom de domaine.
Assurez-vous de spécifier les noms de domaine appropriés lors de la génération des certificats.

sudo certbot certonly -d site-1.ch
sudo certbot certonly -d site-2.ch

Cela va créer les 2 fichiers ssl (fullchain.pem et privkey.pem) dans /etc/letsencrypt/live/site-1.ch/ et site-2.ch.
Ils seront référencés dans les fichiers de configurations plus bas.

Configuration des Fichiers de Sites Virtuels :
Créez 1 fichier de configuration de sites virtuels dans le répertoire `/etc/apache2/sites-available/` (ou votre équivalent) pour chaque nom de domaine que vous souhaitez héberger, ainsi qu'un fichier de configuration de redirection http.
Assurez-vous de spécifier les paramètres appropriés pour chaque site, y compris le chemin vers les fichiers racine, les options de sécurité, etc.

# Redirige tous le traffic HTTP vers HTTPS
sudo vi /etc/apache2/sites-available/000-http-to-https.conf

<VirtualHost *:80>
	ServerAdmin webmaster@site-1.ch

	DocumentRoot /var/www/html

	RewriteEngine on
	RewriteCond %{SERVER_NAME} =site-1.ch
	RewriteRule ^ https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [END,NE,R=permanent]

	RewriteCond %{SERVER_NAME} =site-2.ch
	RewriteRule ^ https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [END,NE,R=permanent]
</VirtualHost>
# Configuration du site principal site-1.ch
sudo vi /etc/apache2/sites-available/000-site-1-ssl.conf

<IfModule mod_ssl.c>
<VirtualHost *:443>

	ServerName site-1.ch
	ServerAlias www.site-1.ch
	ServerAdmin webmaster@site-1.ch
	DocumentRoot /var/www/html

	Include /etc/letsencrypt/options-ssl-apache.conf

	SSLCertificateFile /etc/letsencrypt/live/site-1.ch/fullchain.pem
	SSLCertificateKeyFile /etc/letsencrypt/live/site-1.ch/privkey.pem

	# Any additional directives specific to site-1.ch can go here
</VirtualHost>
</IfModule>
# Configuration du domaine secondaire site-2.ch
sudo vi /etc/apache2/sites-available/000-site-2-ssl.conf

<IfModule mod_ssl.c>
<VirtualHost *:443>
        ServerName site-2.ch
        ServerAlias www.site-2.ch
        DocumentRoot /var/www/html

        Include /etc/letsencrypt/options-ssl-apache.conf
        SSLCertificateFile /etc/letsencrypt/live/site-2.ch/fullchain.pem
        SSLCertificateKeyFile /etc/letsencrypt/live/site-2.ch/privkey.pem
		
        # Any additional directives specific to site-2.ch can go here
</VirtualHost>
</IfModule>

Activation des Sites Virtuels :
Activez les sites virtuels en créant des liens symboliques vers les fichiers de configuration dans le répertoire `/etc/apache2/sites-enabled/` (ou votre équivalent).

cd /etc/apache2/sites-enabled
sudo ln -s ../sites-available/000-http-to-https.conf
sudo ln -s ../sites-available/000-site-1.conf
sudo ln -s ../sites-available/000-site-2.conf

A la place vous pouvez aussi utiliser la commande `a2ensite` suivie du nom de fichier pour chaque site.

Redémarrage d'Apache :
Une fois que vous avez terminé la configuration, redémarrez le service Apache pour appliquer les modifications.

sudo systemctl restart apache2