L'invite de commande (cmd.exe) de Windows utilise un encodage pourri particulier.
Il s'agit de OEM 850.

Vous pouvez le vérifier en tapant la commande

chcp



Si vous écrivez des accents dans un fichier texte et que vous l'ouvrez vous verrez ça.

"Tempête à Hawaï" devient "Tempˆte … Hawa‹" en ANSI et "Temp?e Š Hawa?" en UTF-8.

Si vous souhaitez le rendre compatible avec le reste du Monde :
  • Sélectionnez le bon encodage (Dans Notepad++ via le menu Encodage -> Codage de caractère -> Langues d'Europe occidentale -> OEM 850)
  • Convertissez en UTF-8 (menu Encodage -> Convertir en UTF-8)
  • Et sauvez



Versions
Windows 7 Pro 64 bits - SP1
Notedpad++ v6.6.7


Sources
What encoding/code page is cmd.exe using
Convert UTF-16 unicode characters to UTF-8 in java